Holy Knight nos presenta a Mizumura Shinta, quien no sabe qué hacer cuando la chica más sexy de la escuela, Kishimoto Lilith, empieza a intentar seducirlo y las cosas se vuelven extremadamente físicas. Shinta no es rico ni el chico más popular de la escuela, por lo que no tiene sentido que Lilith se interese tanto por él. Pero Lilith es en realidad un vampiro, un Moroi, un secreto que matará para mantenerlo oculto, y necesita a Shinta para un propósito especial.
A medida que la relación entre Shinta y Lilith crece, se hace más difícil para ella mantener el secreto oculto. Y cuando empiezan los ataques violentos e inesperados y los que están cerca de él, como su amigo semirromántico de la infancia Makimura Chizuru, son arrojados involuntariamente al caos, se revelan profundos y oscuros secretos… incluyendo un secreto sobre el propio Shinta del que ni siquiera es consciente pero que todos los demás parecen conocer.

