City Hunter Movie: Shinjuku Private Eyes es una historia clásica del reconocido manga City Hunter, excepto que el escenario es ahora el Shinjuku moderno. Esta nueva adaptación, toma personajes de un manga de los 80 y los trasplanta a un escenario moderno sin cambiar la trama esencial o el trasfondo cultural en el que se inspiraron originalmente. Los personajes se sienten como si estuvieran atrapados en los 80 y 90 en lo que respecta a su personalidad y sentido del vestir.
Ryo Saeba es un hombre en la sombra, un limpiador. Protección íntima, a veces asesinatos, acepta cualquier trabajo siempre que el cliente sea una chica bonita. Después de vengar la muerte de su compañero Hideyuki Makimura, su hermana, Kaori, decide reemplazar a su hermano como compañero de Ryo. En esta película, Ryo es contactado por Ai Shindo, una modelo dirigida por misteriosos mercenarios, y que bien podría ser la clave de una conspiración que amenaza a toda la ciudad…